Chile on vanhin koulutusjärjestelmän Etelä-Amerikassa. Hallitus on aina osittain rahoitettu tämän koulutuksen avulla on yksi halvimpia opiskelijan elämää. Johtavat yliopistot Universidad de Chile ja Pontificia Universidad Católica de Valparaíso.

Luonnontieteiden maisterin tutkinto (MSc eli Master of Science) on kansainvälisesti tunnustettu tutkinto, joka osoittaa, että sen haltija on oman alansa pätevä ammattilainen. Suurimman osan luonnontieteiden maisterin tutkinnoista voi suorittaa neljässä vuodessa. Tämän jälkeen voi suunnata joko suoraan työmarkkinoille tai jatkaa opintojaan edelleen.